دلیل اصلی خشکی صبحگاهی هنوز ناشناخته است.یک نظریه نشان می دهد که این بیماری به یک ریتم بیولوژیکی مرتبط است.
هنگامی که در شب عملیات سوخت و ساز بدن انجام می شود،سطح بعضی از سیتوکین های التهابی (پروتئین های محلولی هستند که در تنظیم ایمنی نقش دارند) افزایش پیدا می کند.ریتم کورتیزول ممکن است در این امر تاثیر داشته باشد،زیرا کاهش سطح کورتیزول موجب افزایش التهاب در شب می شود.